Die Dreifaltigkeitskirche ist mit dem Priesterhaus und dem Virgilianum Teil eines Gebäudeensembles innerhalb des sogenannten St. Andräviertels. Im Jahr 1694 wurde die Kirche vom berühmten Barockbaumeister Fischer von Erlach realisiert und ist seither Blickfang am Marktplatz. Die Zwillingstürme innerhalb der geschwungenen Fassade verbunden mit den palastartigen Seitenflügeln sind definitiv eines der gelungensten Beispiele einer noch nicht manierierten Architektur im Barockstil. Sehenswert ist auch das Fresko Johann Michael Rottmayrs im Inneren der Kirche.
Salzburgs Dom ist die größte der insgesamt 36 Salzburger Kirchen und bietet jeden Sommer auch die Kulisse für den berühmten Jedermann. Die erste Kirche an dieser Stelle wurde im Jahr 774 den Heiligen Virgil und Rupert geweiht. Um 1200 wurde das Gebäude zerstört und als romanische Basilika wiedererrichtet. Seine Größe übertraf damals sogar jene des kaiserlichen Domes in Speyer. Der heutige Dom wurde um 1620 nach Plänen des Architekten Santino Solari errichtet und wurde von Erzbischof Paris Lodron während der Wirren des Dreißigjährigen Krieges im Jahr 1628 eingeweiht.
Die Franziskanerkirche an der Ecke Franziskanergasse/Sigmund Haffner Gasse ist eines der ältesten sakralen Bauwerke Salzburgs. Der lichtdurchflutete, gotische Chorraum stammt aus dem Jahr 1408. Die Baumeister Hans von Burghausen und Stefan Krumenauer sind auf einem Bild rechts des Hochaltars verewigt. Der Hochaltar in seiner heutigen Form wurde nach Plänen von Fischer von Erlach gestaltet. Im Jahr 1670 wurde die Spitze des Kirchturmes entfernt, da er den Dom an Höhe nicht überragen sollte. 1866 wurde der Turm jedoch in seiner ursprünglichen Gestalt wieder hergestellt. Durch die wechselhafte Baugeschichte ist die Franziskanerkirche eine der bemerkenswertesten Kirchen Salzburgs.
Das Benediktinerinnenstift Nonnberg, um 700 nach Christus gegründet, ist das älteste noch bestehende Frauenkloster im deutschen Sprachraum. Das klösterliche Leben wurde seit der Gründung niemals unterbrochen. Das Kloster ist nur zu Fuß zu erreichen: Entweder über die Nonnbergstiege und den Hohen Weg oder vom Stadtteil Nonntal aus über eine schmale Gasse. Die Kirche präsentiert sich im Stil der Gotik, Prunkstücke sind der spätgotische Flügelaltar und die berühmten Wandmalereien aus der Mitte des 12. Jahrhunderts. Das Klostergebäude, eine Zusammensetzung verschiedenster Bauten aus dem 13. bis 19. Jahrhundert ist für die Öffentlichkeit nicht zugänglich.
Allerlei Änderungen erfuhr wie so viele auch diese Kirche. So wurde der Zwiebelturm nach einem Brand durch einen neugotischen Spitzhelm ersetzt.
Die erste Kirche wurde 1089 geweiht, im 15. Jh. erfolgte der Ausbau zu einer zweischiffigen Hallenkirche. Im Barock (1652-56) trug man das alte Gebäude ab und begann einen Neubau. Die jetzigen Zwiebelhelme stammen aus dem 19. Jh. Vom ursprünglichen Bau blieb das Westwerk mit wertvollen romanischen Fresken (um 1080) erhalten, die man im 19. Jh. entdeckte. Dargestellt sind die Epiphanie (Dreikönigsfest), die Theophanie (Erscheinung Gottes auf Erden) und das Testimonium Dei (Bezeugung der Gottheit Jesu in seinen Wundertaten). Die weitere Ausstattung ist barock: so u.v.a. zahlreiche Statuen (um 1655) von Ch. A. Walter aus Regensburg und das Altarbild mit Mariä Himmelfahrt von J. v. Sandrart (1655).
Seit 1658 steht die hölzerne Kirche auf dem Kolomansberg. Sie eine der letzten verbleibenden, komplett hölzernen Kirchen des Landes.